Jabatan Kesihatan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur ditubuhkan secara tidak rasmi pada Jun 2001. Memulakan operasi di Jalan Dungun, Damansara Heights, Kuala Lumpur. Berpindah ke Blok E, Bangunan Kesihatan, Jalan Cenderasari Kuala Lumpur.

pada 1 Januari 2002. Berpindah ke Blok D, Kompleks Pejabat-pejabat Kesihatan, Jalan Cenderasari, Kuala Lumpur. Perpindahan meliputi Bahagian Perubatan, Bahagian Pengurusan, Bahagian Kesihatan Awam dan Bahagian Farmasi, Bahagian Pergigian mengekalkan kedudukannya di Bangunan Cahaya Suria, Jalan Tun Perak, Kuala Lumpur.